Το Εργαστήριο έχει συμμετάσχει ή συμμετέχει στα ακόλουθα Ερευνητικά Προγράμματα:

• DACALBO: "Digital Archive of Alchemical Manuscripts in the Byzantine and Ottoman Empire", Πρόγραμμα ΘΑΛΗΣ.
• Hephaestus: "Hellenic Philosophy, History and Environmental Science Teaching Under Scrutiny" σε συνεργασία με το Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών και της Τεχνολογίας του Ινστιτούτου Ιστορικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, Πρόγραμμα FP7: http://www.hpdst.gr/hephaestus
• "Οι Εκπαιδευτικές Προεκτάσεις της Ιστορίας του Μηχανισμού των Αντικυθήρων", Πρόγραμμα ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ.
• "Η Συμβολή της Ιστορίας των Επιστημονικών Οργάνων Ναυσιπλοΐας και Χαρτογραφίας στη Διαθεματική Διδασκαλία της Έννοιας του Χώρου", Πρόγραμμα ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ– ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ.
• Ανάδειξη, Τεκμηρίωση και Ψηφιοποίηση του Αρχείου της Ένωσης Ελλήνων Φυσικών (Ε.Ε.Φ.): Πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας», σε συνεργασία με την Ένωση Ελλήνων Φυσικών και το Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.
• Διδακτική προσέγγιση πολύπλοκων – σύνθετων περιβαλλοντικών φαινομένων και διεργασιών. Ανάπτυξη μοντέλου αξιοποίησης εικονικών περιβαλλόντων στην Περιβαλλοντική Εκπαίδευση : Πρόγραμμα ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ – ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ.
• Η ΦΥΣΙΚΗ ΣΤΟ ΒΥΖΑΝΤΙΟ - Ανάπτυξη πολυμεσικής εφαρμογής: Σε συνεργασία με την Ένωση Ελλήνων Φυσικών και το Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.
• Η Εκπαίδευση των δασκάλων στις Φυσικές Επιστήμες: 1834-1934: Σε συνεργασία με το Ιστορικό Aρχείο Ελληνικής Νεολαίας (ΙΑΕΝ).
• Αλληλεπιδράσεις Ελλάδας - Ρωσίας στις Επιστήμες: Σε συνεργασία με το Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.
• ''ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΟΡΓΑΝΩΝ”: Σε συνεργασία με το Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και το Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS).

Από τον ΕΛΚΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών έχουν χρηματοδοτηθεί τα εξής Προγράμματα:

• Εικονικό Μουσείο Επιστημονικών Οργάνων,
• Ο ρόλος της εικόνας στα βιβλία των Φυσικών Επιστημών του Δημοτικού Σχολείου,
• Η εκλαΐκευση της επιστήμης όπως παρουσιάζεται σε άρθρα των εφημερίδων και των περιοδικών και η επίδρασή της στην εκπαίδευση των Φυσικών Επιστημών,
• Μελέτη των εικόνων των εγχειριδίων για τις Φυσικές Επιστήμες στην Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση κατά τον 20ο αιώνα,
• Η εισαγωγή της Ειδικής Θεωρίας της Σχετικότητας στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση.